Victoria Eugenie qua đời tại Lausanne vào ngày 15 tháng 4 năm 1969, hưởng thọ 81 tuổi, đúng 38 năm kể từ khi Ena rời khỏi Tây Ban Nha mà sống lưu vong. Victoria là người con qua đời cuối cùng của Vương nữ Beatrice của Liên hiệp Anh và Thân vương tử Heinrich xứ Battenberg. Tang lễ được tổ chức tại nhà thờ Sacré Coeur và Victoria Eugenie được chôn cất ban đầu tại nghĩa trang Bois-de-Vaux gần đó ở Lausanne. Vào ngày 25 tháng 4 năm 1985, hài cốt của Victoria được đưa về Tây Ban Nha và được an táng lại trong Hầm mộ Vương thất ở Escorial, ngoại ô Madrid, bên cạnh hài cốt của chồng là Alfonso XIII, và gần đó là các con trai của hai vợ chồng là Alfonso, Jaime và Gonzalo.